У Військово-морському ліцеї працює приймальна комісія, яка приймає юнаків – громадян України, які у поточному році закінчили 9 класів середньої загальноосвітньої школи та у рік зарахування до ліцею їм виповнюється 15-16 років, придатні за станом здоров’я навчатися у ліцеї та по його закінченню бажають продовжити навчання у навчальних закладах Збройних Сил Украіни.
Прийом до ліцею здійснюється на конкурсній основі за результатами вступних випробувань з урахуванням медичного огляду.